Čo sú fakty a čo len dohady? Toto zatiaľ vieme o novom variante omikron
Nový variant Covid-19 s označením omikron B.1.1.529 bol objavený v Juhoafrickej republike. Dominanciu nad predošlým variantom delta sa mu podarilo získať za rekordných menej ako 20 dní a rýchlo sa šíri aj do ostatných štátov. Pozrite si sumár všetkých faktov, ktoré sa doteraz podarilo zhromaždiť o omikrone.
Zatiaľ nie je k dispozícii dostatok epidemiologických dát, na základe ktorých by bolo možné stanoviť, akou veľkou hrozbou tento nový variant je. Limitované dáta však indikujú veľmi pravdepodobný potenciál extrémne vysokého R0, čo by znamenalo vyššiu infekčnosť. Je predčasné zatiaľ hovoriť o priebehu a závažnosti ochorenia.
Základné informácie
Je nový variant Covid-19, ktorý bol objavený v Juhoafrickej republike. V krajine veľmi rýchlo vytlačil predošlý variant delta a za menej ako 20 dní sa stal dominantným. Prvé importované prípady boli cez víkend zaznamenané v EÚ, UK, Izraeli a Hong Kongu. Variant zatiaľ nebol popísaný v žiadnych epidemiologických štúdiách, a preto nevieme s presnosťou určiť jeho základné epidemiologické charakteristiky a ani to, ako sa bude reálne šíriť v svetovej populácii.
Doterajšie limitované sekvenačné dáta však indikujú veľmi pravdepodobný potenciál extrémne vysokého R0 (indikátor infekčnosti), prípadne iných evolučných výhod.
Jednotlivé krajiny zavádzajú opatrenia s cieľom spomaliť jeho šírenie. Úrad verejného zdravotníctva SR mení pravidlá pre osoby, platné pri návrate z Juhoafrickej republiky a ďalších rizikových krajín. Zavádza sa povinná karanténa.
Na spike proteíne variantu omikron bolo identifikovaných až 34 kľúčových mutácií, ktoré potenciálne umožňujú vírusu ľahší prenos medzi osobami, ako aj schopnosť čiastočne obísť imunitu nadobudnutú po očkovaní alebo po prekonaní ochorenia Covid-19. Avšak na to, či k tejto evolučnej výhode aj naozaj dochádza, musíme počkať na prvé štúdie.
Presný rizikový profil omikron variantu budeme vedieť podať až v priebehu niekoľkých týždňov, prípadne mesiacov, keď už budú verejne prístupné štúdie dokumentujúce štatisticky významnú skupinu pacientov.
Infekčnosť
Základné Reprodukčné Číslo R0
Základné Reprodukčné Číslo R0 je jedným z indikátorov infekčnosti. Vyjadruje maximálny možný potenciál patogénu v prostredí bez opatrení. R0 prvotného Wuhanského kmeňa bolo odhadované medzi 2-3, to znamená, že v priemere jedna infekčná osoba nakazila ďalšie 2-3 osoby. R0 "britského" alfa variantu sa odhadovalo medzi 3.5 – 4.5 a vo väčšine štátov trvalo niekoľko mesiacov kým sa stal dominantným. R0 "indického" Delta variantu sa odhaduje medzi 6-8. Na základe sekvenčných dát z Juhoafrickej republiky sa však nazdávame, že je výrazne vyššie ako u predošlého delta variantu.
Za menej ako 20 dní sa jeho podiel na sekvenovaných pozitívnych vzorkách zvýšil na viac ako 80 %, čo vykazuje asi najrýchlejší rast aký kedy bol u SARS-CoV-2 variantov doposiaľ pozorovaný. R0 nového B.1.1.529 variantu zatiaľ nie je presne určené.
Efektívne reprodukčné číslo
Efektívne reprodukčné číslo vyjadruje rýchlosť šírenia vírusu v danom časovom momente a mení sa na základe správania sa obyvateľstva, aktívnych kontrolných opatrení a zaočkovanosti populácie.
Efektívne reprodukčné číslo omikron variantu v JAR je odhadované na 2, kým u delta variantu na 1.48, čo ďalej potvrdzuje jeho evolučnú výhodu v rýchlom šírení. To znamená, že i napriek protiepidemickým opatreniam a vysoko zaočkovanej populácii, jedna infikovaná osoba v priemere nakazí ďalšie dve osoby.
Secondary Attack Rate
Secondary Attack Rate (SAR) vyjadruje šancu stať sa pozitívne potvrdeným kontaktom, ak bola osoba exponovaná v úzkom kolektíve. Varianty s vyšším R0 majú zväčša aj vyššiu SAR, čo znamená, že k prenosu infekcie dochádza výrazne ľahšie, a to aj pri menej intenzívnych sociálnych kontaktoch a dochádza k výraznému komunitnému šíreniu. SAR nového omikron variantu nie je doposiaľ známe.
Generačný čas
Generačný čas vírusu je doba, počas ktorej sa infikovaná osoba stáva infekčnou, čiže schopnou šíriť nákazu ďalej v populácii. Krátke generačné časy predstavujú významný problém, lebo vďaka nim sa nákaza dokáže šíriť rýchlo a reťazovito. Toto bola evolučná výhoda aj pri Delta variante, pri ktorom sa osoba stala v priemere infekčnou už na 2-3 deň.
Klasické testovanie a vyhľadávanie kontaktov preto v prostredí Delta variantu stratilo významný efekt. Kým úzke kontakty stihli byť skontaktované, zväčša už boli nielen infekčné, ale stihli nakaziť aj ďalšie osoby, čím Delta variant získal výrazný náskok. Zatiaľ neboli publikované žiadne štúdie, ktoré by zisťovali generačný čas omikron variantu.
Od 1. decembra platí po príchode na Slovensko povinná karanténa pre všetkých, bez ohľadu na očkovanie a prekonanie covidu, ktorí za posledných 14 dní navštívili: Juhoafrickú republiku, Botswanu, Namíbiu, Lesotho, Eswatini, Mozambik, Zimbabwe, Izrael, Hongkong, Seychely.
Chorobnosť
Zatiaľ neexistujú dáta, na základe ktorých by sme vedeli určiť riziko ťažkého priebehu ochorenia (severita) a prípadne smrtnosť vírusu.
Inkubačná doba
Zatiaľ neboli publikované žiadne štúdie, ktoré by určili inkubačnú dobu omikron variantu. Inkubačný čas zásadne ovplyvňuje, ako skoro je možné identifikovať nákazu v populácii. Infikované osoby spravidla vyhľadajú zdravotnú pomoc až po vypuknutí prvých symptómov. Rizikom sú preto dlhé inkubačné doby, pri ktorých sa patogén stihne v populácií značne rozšíriť ešte pred tým ako je možné objaviť prvé pozitívne prípady.
Imunita
Zatiaľ neexistujú dáta, na základe ktorých by sme vedeli určiť efektívnosť doterajších vakcín proti novému variantu. Rovnako ešte nevieme ani do akej miery poskytuje predošlé prekonanie choroby Covid-19 ochranu pred novým variantom.
Hranica kolektívnej imunity
Hranica kolektívnej imunity je priamo odvodená od hodnoty základného reprodukčného čísla. Čím je R0 väčšie, tým je súčasne potrebné zaočkovať väčšie percento celkovej populácie. Na dosiahnutie kolektívnej imunity vo Wuhnaskom prostredí bolo potrebné zaočkovať iba 50-66 %, v prostredí infekčnejšieho Alfa variantu sa zvýšila potreba zaočkovanosti populácie na 71-77 % a v prostredí Delta variantu až na 83-88 %.
Ak by R0 nového variantu dosiahol hodnoty 10-12, tak by bolo nutné zaočkovať 90-92 % populácie na to, aby sa efektívne zabránilo epidemickému rastu.
Pri narábaní s konceptom kolektívnej imunity je však dôležité, že pri očkovaní nemôžeme nikdy ísť na samotnú matematicky vypočítanú hodnotu kolektívnej imunity. Vždy je potrebné ešte zaočkovať dodatočné percento a vytvoriť tak dodatočnú rezervu, lebo populácia sa vždy mieša nehomogénne.